为了集中人孵，种蛋往往需要保存数日才进入孵化机进行孵化。如果保存的条件不当，种蛋会因品质下降而影响孵化率。因此，应按种蛋所要求的环境条件来保存，以保持种蛋的品质。
(1)种蛋的保存温度：
鸡胚发育的临界温度为23．9Y，种蛋保存期在1周以内，温度以15—16~C为宜，保存1周以上以12~C为宜。孵化机应当注意的是，种蛋在进入储蛋库保存前的温度如高于保存温度时，应逐步降温(最好在蛋库内设有缓冲间)，使种蛋的温度接近储蛋库的温度后，再放入储蛋库内保存。
(2)种蛋的保存湿度：
保存种蛋的湿度以75％-80％为合适。孵化机相对湿度过高，容易使种蛋发霉；湿度太低，在种蛋保存期间，蛋内水分过度向外蒸发，气室增大，蛋失重过多，也会影响孵化效果。
(3)种蛋保存时的通气：
蛋库内应有缓慢适度的通气，以防种蛋发霉。蛋盘的放置与墙壁应有适当的距离，保持一定的空隙，有利于通风换气。