唇足类动物为雌雄异体，药用蜈蚣也是如此。虽然在蜈蚣外形上不易于区分，但在解剖它们的内脏时，两性的生殖系统却是显然各不相同的。在不同类群中，雌性生殖系统构造是同样的，但雄性生殖系统在唇足类的不同目中差别很大。 　　

1、雌性生殖系统 雌性生殖系统是由卵巢、输卵管、副腺和纳精囊4个主要部分组成。 　　
(1)、输卵管：它与卵巢后端相连通，并无明显的界限。在输卵管的尾部分成两支，把后肠包围起来，并在后肠的下面再合成一根。输卵管的开口是生殖孔。 　　
(2)、卵巢：它位于消化道的背面，是一根瘦长的圆筒状的生殖器官。成体的卵巢内壁有许多白色球状的胚细胞，进一步发育成具有丰富卵黄的卵细胞，产生胚细胞的卵巢内壁为胚表皮。由胚细胞分化到发育成为成熟的卵粒是个复杂的过程．这在后面章节里进行介绍。 　　
(3)、纳精囊：药用蜈蚣的纳精囊，仅有1对。而纳精囊的副腺在地蜈蚣目和蜈蚣目种类中，都是1对。但在石蜈蚣目和蚰蜒目中，则有2对，即第一副腺和第二副腺。 　　蜈蚣的生殖系统 　　

2、雄性生殖系统 雄性蜈蚣的生殖系统由输精管、精巢、贮精囊、副腺和附属物组成。在蜈蚣目中，精巢有十几个至几十个不等，呈纺锤形；耳盲蜈蚣有30个精巢，精巢呈椭圆形。精巢由身体前部一直排至后部，大体上排成两行；每个精巢由两条细精管连通纵行在中央的单根输精管上。单根的输精管下端与肌肉发达的射精管相连，而射精管的末端向体外开口。在输精管内常有若干椭圆形的精胞,精胞内有无数精子。射精管末端有2对副腺与它相连通。 　　
        输精管：2条，分别从两个精巢的外侧伸出，起精子过道的作用。 　　    精巢：位于消化管的腹面，左右各一，未有愈合，分节明显，为一对梯形器官，埋藏于中体体腔内的盲囊之中，需细心分离方可观察。精巢是蝎产生雄性生殖细胞--精子的器官。 　　
        贮精囊：与输精管无明显的界线，但比输精管膨大。是精液排出体外前储存的地方。 　　
        生殖腔：由两个贮精囊发出的管道汇集而成，交配时，精荚即在此最后成型。